Menu e lista de páginas são áreas distintas no WordPress.
Antes de começar
Abra o bloco Navegação, selecione o item que será removido e escolha removê-lo do menu.
Passo a passo
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Salve e teste a navegação; confira também se a página ainda é alcançável pelos caminhos desejados.
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Remover do menu não define privacidade nem impede indexação; use as configurações adequadas para cada finalidade.
Limites e cuidados
A interface e as opções disponíveis podem variar conforme a versão do WordPress, o tema e os plugins. Faça a primeira alteração em um ambiente de teste e confirme o resultado antes de atualizar o site principal.
Continue na biblioteca
Fonte oficial: Bloco Navegação — WordPress.org.